Toutes les agences régionales de santé ont arrêté leur organisation en territoires de santé. Seules trois régions conservent leur découpage antérieur. Ces territoires, qui passent de 159 à 107, serviront également de cadre aux missions des ARS dans le secteur médicosocial.

Tel qu’annoncé dans l’article L.1434-16 du Code de la Santé publique, "l'agence régionale de santé (ARS) définit les territoires de santé pertinents pour les activités de santé publique, de soins et d'équipement des établissements de santé, de prise en charge et d'accompagnement médico-social ainsi que pour l'accès aux soins de premier recours".
Le Ministère de la santé a déclaré dans un communiqué en date du 24 janvier, que le nouveau découpage est achevé (sauf pour la Guadeloupe). Ce dernier sous la responsabilité des ARS s'est fait sur la base d'une dizaine de critères communs à l'ensemble des régions : intégration de l'offre de services, organisation des espaces de proximité, distances d'accès, pratiques spatiales de la population, cohérence avec les autres politiques publiques…

Contrairement aux apparences, la loi HPST n'a pas créé les territoires de santé : ceux-ci existent depuis l'ordonnance du 4 septembre 2003 (simplification de l'organisation et du fonctionnement du système de santé) et remplaçaient les "secteurs sanitaires". Le découpage, réalisé à l’époque sous l'égide des agences régionales de l'hospitalisation (ARH), visait uniquement le volet sanitaire et s’accompagnait d’autres découpages spécifiques aux différentes disciplines. Le tout étant difficilement lisible.
Le nouveau découpage qui entre en vigueur modifie la situation en profondeur. Le nombre de territoires de santé est réduit d'environ un tiers, passant de 159 à 107. En conséquence, la taille et la population de chaque territoire de santé augmentent (la population moyenne de chaque territoire passe de 374.000 à 605.000 habitants). L'écart entre le territoire le plus peuplé et celui le moins peuplé se réduit également.

Enfin, principale nouveauté, les territoires de santé couvrent maintenant l'ensemble des activités des ARS (notamment le volet médicosocial). Les départements et les autres collectivités seront donc vigilants quant à la qualité de leur représentation au sein des conférences de santé (l'instance de concertation) où les collectivités territoriales disposeront de sept sièges sur cinquante.
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